La prima attestazione del toponimo Melissano risale in una iscrizione un tempo conservata nella chiesa matrice di Racale e risalente alla fine del XII secolo: <<... CLAUSORIO UNO VINEAR(UM) IN PHEUDI MELESSANI ...>> recita l'epigrafe, a proposito di un atto di donazione del feudatario di Racale, Nicola Bonsecolo.

Il casale, come tantissimi altri, è invece attestato per la prima volta nel 1269, nei registri angioni; eccone il testo: "Provisorio pro Romeo Per (o Piex), miles, contra vassallos suos casalis MELIXANI qui denegant ei respondere" che tradotto significa "Provvedimento per Romeo Per, cavaliere, contro i vassalli del casale di Melissano, che si rifiutano di rispondergli".

Da questi registri, riusciamo a stabilire che prima del Per, Melissano appartenne a un tale Giordano Sicecte o Ficecte.

Melissano quindi, nel XIII secolo, era un casale, cioè agglomerato di abitazioni, che probabilmente ruotavano attorno al nucleo dell’ex chiesa parrocchiale, quella di S. Pietro, ancora esistente nel XVII secolo ma distrutta nello stesso secolo per far largo alla chiesa dell’Immacolata. Melissano, oltre alla chiesa di S. Pietro, possedeva un’altra chiesa, quella di S. Nicola, anch’essa ancora esistente nel XVII secolo, ma già diroccata. Il titolo della chiesa suggerisce una interpretazione di una chiesa di culto greco, magari importato dai monaci della vicina abbazia di S. Maria de Civo. Una prova del culto di tale santo la si riscontra anche in Miglionico (in Basilicata), dove il portale romanico-gotico della chiesa madre è stato intagliato da un tal Nicola da Melissano nel XIII secolo.

Si può ipotizzare la presenza di due chiese, che potrebbero essere una di culto greco e l’altra di culto latino, situazione simile in alcuni siti salentini, come ha attestato lo scavo di Quattro Macine (Giuggianello): generalmente quella di culto italo-greco è la chiesa più antica che verrà affiancata poi, dopo l’arrivo dei Normanni, ad una chiesa latina di più grandi dimensioni, anche se il culto greco persisterà ancora a lungo; il culto petrino, tuttavia, conosce una larga diffussione intorno al IX-X secolo, come attesta l'omonima chiesa di Otranto e tante altre chiese, tra cui anche a Taviano.

Oltre alle fonti di archivio, quindi che pongono un termine “ante quem”, cioè il 1269 e la presenza delle chiese di S. Pietro e di S. Nicola, già presenti probabilmente in quel secolo, non si ha nessuna notizia sulle origini di Melissano, probabilmente a causa della sua posizione su roccia calcarea, ma soprattutto a causa dei dissennati interventi in alcuni contesti stratigrafici, quali le tombe ipogee della chiesa dell’Immacolata e dell’ex chiesa di S. Antonio.

Stabilito il termine, nulla si conosce sulla provenienza dei primi coloni di Melissano. La teoria più valida, e confortata dalla consonanza linguistica, vuole l’origine dei primi abitanti melissanesi dalle vicine Felline e Ugento, sottoposte alle incursioni saracene e che si siano col tempo stabiliti. Le fonti di archivio (registri angioni, datati al 1271 cita la concessione del casale di Melissano “cum hominibus" da parte di Carlo I d’Angiò) invece, parlano della presenza di villani, cioè servi che sono venduti insieme al casale e quindi in un perenne stato di sudditanza.

Un'altra ipotesi potrebbe essere avanzata: la fondazione di Melissano insieme a Racale. Dopo la distruzione nell’886 della “celeberrima” città di Ugento, il sovrano Basilio I ripopolò la zona tra Ugento e Gallipoli con numerosi coloni provenienti da Heraclea sul Ponto. Da questa città deriva il nome “Racale”, che nelle antiche fonti è attestata “Racle”. E Melissano? Il sovrano inviò il generale Melissos per sconfiggere l’emiro arabo Sawdan, che riuscì a fuggire dopo la distruzione di Ugento. Il toponimo Melissano potrebbe avere qualche attinenza con l'episodio.

Secondo rinomati studiosi di toponomastica tra cui Marinelli e Laporta, i nomi locali in -ano derivano generalmente da antichi gentilizi romani che possedevano un praedium. Secondo la Laporta "è infondato che i nomi in -ano come Alessano, Melissano, Spongano, Taviano, oppure Anfiano, Andrano, Argiano, Palagiano facciano pensare a proprietari di fondi greci piuttosto che romani, ciò perchè i suddetti nomi non derivano direttamente dal greco, bensì derivano da nomi che sono attestati in iscrizioni latine relative". L'autrice passa tutti questi paesi in rassegna e per Melissano asserisce che "si fonda non sul greco Melissos, bensì su Melissus, noto a Canosa (CIL IX 353)". Analizzando il CIL (corpus inscriptionum latinarum) ho potuto riscontrare che al numero 363 compare l'epigrafe presa in considerazione rinvenuta nel 1873 in strada Carvotto, con la dedica di "Melisso". Un'etimologia romana per Melissano sarebbe dunque probabile anche se ciò non dovrebbe essere prova certa di insediamento.

In conclusione si può affermare che esistendo nel 1269, esisteva sicuramente in età normanno-sveva e probabilmente, al pari della stragrande maggioranza degli insediamenti, esisteva in età bizantina.